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　　Allis在研究中采用四膜虫（Tetrahymena）作为模式生物来研究组蛋白及翻译后修饰。四膜虫的细胞核有大小两个，其中小核（micronucleus）含有五对染色体，负责保存四膜虫用于传宗接代的遗传信息，是分裂过程和交换遗传物质时的主角；大核（macronucleus）负责日常的基因表达。1986年，Allis实验室发现四膜虫大核中组蛋白H3和H4末端存在有非随机的乙酰化赖氨酸。Allis实验室从90年代早期开始致力于寻找组蛋白的修饰酶，1996年，Allis教授在Cell杂志发表了题为Tetrahymena histone acetyltransferase A: a homolog to yeast Gcn5p linking histone acetylation to gene activation文章，率先在四膜虫中鉴定到了一个组蛋白乙酰转移酶（histone acetyltransferase typeA，HAT A），该酶与酵母中的GCN5同源，还鉴定了GCN5具有乙酰转移酶活性首次揭示组蛋白乙酰基转移酶是一类重要转录共激活物。这是染色质和基因调控一个重大的、关键的转折点，这一突破性发现首次证实细胞核核小体上的组蛋白不仅仅是用作染色质的骨架，组蛋白修饰还能够调节基因活性，这一突破性的发现标志着表观遗传学的兴起。

　　同年，Allis还在Nature上发表文章Transcription-linked acetylation by Gcn5p of histones H3 and H4 atspecific lysines，揭示与B型乙酰转移酶不同，GCN5可以乙酰化组蛋白H3和H4尾部特定的赖氨酸，即H3K14、H4K8，H4K16由GCN5负责乙酰化，而与染色质组装有关的H4K5和H4K12由B型乙酰转移酶负责乙酰化。Allis认识到乙酰转移酶在组蛋白尾部使特定的赖氨酸乙酰化，这类似于蛋白激酶识别特定氨基酸序列基序的底物特异性。Allis的这些发现使人们重新开始审视转录领域，尤其是组蛋白修饰对于基因转录的控制，同时该领域也吸引了大量科研工作者的关注。Allis后来回忆，这一重大发现极具讽刺性，因为四膜虫中的这个HAT具有超高的酶活活性，很方便做体外酶活实验，Allis也认为这是由一定的幸运成分在里面，如果是在人的细胞中纯化出的蛋白就未必会有如此结果了，但是机会都是留给有准备的人。

　　在这之后，Allis以及其他课题组提出了“组蛋白密码”的概念，这一密码由相应的可结合在组蛋白上面特定的酶来解析。现在，我们知道了大量的组蛋白的修饰包括：乙酰化、甲基化（同一位置不同功能的mono-, di-, 和tri-）、磷酸化、泛素化、ADP-核糖基化、以及研究相对较少的诸如琥珀酰化、丁酰化、乳酸化、巴豆酰化等。现在，已知有超过100种识别各种组蛋白标记的“reader”蛋白，大约50个“writer”蛋白负责修饰组蛋白，同时大约有12种“eraser”蛋白可以去除组蛋白修饰标记。这种多样化的蛋白与许多疾病相关，甚至有些突变还可在癌症中发现，这也是正是Allis实验室和许多其他实验室近期研究的重点。现在，许多writer蛋白已经成为多种疾病的药物靶标。深入理解这些writer、reader和eraser将会加深我们对于生物学的理解。